К осени 1941 г. Москва стала фактически прифронтовым городом. На территории Тимирязевской академии строились буровые и шахтные колодцы на случай выхода из строя водопроводной системы. В подвальном помещении Московского гидромелиоративного института была сложена специальная печь для выпечки хлеба.
К середине октября 1941 г. обстановка серьезно ухудшилась. Германские войска были настолько близки к столице, что артиллерийская канонада была хорошо слышна в академии и днем и ночью. Заводы и многие учреждения стали эвакуировать из Москвы на восток. Столь стремительное продвижение немцев к столице вынудило правительство поставить вопрос об эвакуации. Разговоры о том, что придется покинуть Москву, велись давно. Администрация вуза, пытаясь предотвратить панику, успокаивала преподавателей и студентов. Дана была установка: эвакуация возможна, но пройдет она планово и все заранее будут предупреждены. Изначально академию планировали эвакуировать из Москвы не ранее 7 ноября. Люди спокойно готовились к переезду, исходя из этой даты. Однако жизнь внесла свои коррективы. Еще утром 15 октября все было более или менее спокойно, а уже вечером этого же дня обстановка резко изменилась. Пришло сообщение, что немцы прорвали фронт и прямиком движутся на Москву. Решение в такой ситуации было принято незамедлительно: к утру 16 октября преподавателям, сотрудникам и студентам академии надлежит покинуть столицу. На все сборы отводилось часов 12, не более. Местом для эвакуации был выбран Самарканд. И на следующий день поезд увез большинство тимирязевцев в этот южный город нашей страны.
Когда вермахт вплотную приблизился к Москве, было принято решение уничтожить архив академии. Важные документы, проливавшие свет на историю вуза, сгорели в огне. Тогда это казалось оправданным шагом. Сохранились лишь некоторые документы, переданные в свое время в Центральный государственный архив. Согласно постановлению ГКО 16-18 октября 1941 г. также были уничтожены документы МИМЭССХ. После войны не раз приходилось сожалеть о содеянном. В исследованиях возникли белые пятна, стереть которые не представлялось возможным. Осталось довериться воспоминаниям, которые порой не столько раскрывали тайны Тимирязевки, сколько порождали новые мифы об истории вуза.
В покинутой Тимирязевке обстановка оставалась морально очень тяжелой. Правда, через несколько дней пришло радостное известие о том, что прорыв вермахта удалось остановить и в ближайшие недели захвата города врагом ожидать не стоит. Однако поезд с эвакуированными уже ушел, и тимирязевцам, оказавшимся в Самарканде, предстояло начать новую жизнь. Тем же, кто остался в столице, предстояло выполнять свой долг здесь, защищая Родину.
В целом же военные события не сулили никаких радостных надежд. Работа в академии была прекращена почти совершенно, учебные корпуса не отапливались, некоторые из них «консервировались» на длительный срок. Наготове стояла легковая машина для вызова в последнюю минуту заместителя директора, оставшегося в Москве для ликвидации всяких дел. Главный административный корпус, где размещались дирекция и учебная часть, стоял с заколоченными окнами. В полумраке по комнатам бродила Александра Вячеславовна Метелкина, старший диспетчер и единственный оставшийся сотрудник учебной части. Заместитель директора же распродавал академический лес, на который, ввиду отсутствия каменного угля, охотников было очень много. Секретарь плодфака академии Раиса Андреевна Петрова выполняла обязанности начальника пожарной связи и охраны порядка по 6-му корпусу, а также бойца по связи. Евгения Петровна Литвиненко, студентка II курса, служила ответственной дежурной по охране зданий академии и бойцом по охране территории. Все имели свои военные обязанности, многие носили военную форму.
По материалам Монографии «Тимирязевская академия в годы Великой Отечественной войны».
Авторы: Ректор РГАУ-МСХА им. К.А.Тимирязева, академик РАН, профессор В.И. Трухачев,
Председатель Совета ветеранов РГАУ — МСХА имени К.А. Тимирязева, доктор экономических наук, профессор Ю.И. Агирбов,
Заведующий кафедрой истории РГАУ – МСХА им. К.А.Тимирязева, доктор исторических наук, доцент А.Б. Оришев.