Молодые исследователи совместно с преподавателями цифровой кафедры отобрали коллекцию генотипов рапса, часть из которых показала полевую устойчивость к фомозу (Phoma lingam), а часть – восприимчивость. Затем с помощью полногеномного поиска ассоциаций (GWAS) они «просканировали» несколько десятков тысяч SNP-маркеров.
Путем обработки терабайта сырых данных секвенирования, а также используя Python-скрипты слушатели цифровой кафедры идентифицировали 14 локусов, достоверно связанных с устойчивостью к грибу.
На данный момент команда тестирует три маркерные системы на расширенной выборке. Разработаны праймеры для HRM-анализа (High Resolution Melting).
Если валидация подтвердит эффективность маркеров (ожидаемая точность прогноза – 92-95%), они будут переданы в селекционно-семеноводческий центр рапса для ускоренного создания линий рапса, устойчивых к фомозу, без использования химических фунгицидов.
Текст, медиа: Миронов А.А.
