Кафедра экологии была создана в июне 1990 г. на основании решения ученого совета МСХА имени К.А. Тимирязева «О подготовке в академии молодых специалистов в области сельскохозяйственной экологии и контроля за качеством окружающей среды» и во исполнение постановления Правительства СССР «О неотложных мерах экологического оздоровления страны». Первым руководителем и организатором кафедры стал профессор Владимир Александрович Черников — видный ученый в области агроэкологии, охраны окружающей среды и структурной диагностики гумусового состояния почв.
Целевая подготовка экологов началась в 1991- 1992 учебном году — сначала по системе второго высшего образования (VI курс). В рамках его дипломы о втором высшем образовании с присуждением квалификации «ученый агроном- эколог» получили более 80 человек, включая иностранных граждан из дальнего зарубежья (Боливия, Марокко, Эритрея и др.), 12 выпускников VI курса впоследствии успешно защитили кандидатские диссертации по экологии.
В 1993 г. была введена новая специальность «Агроэкология» и начата подготовка по ней студентов основной формы обучения. Для обеспечения учебного процесса, под руководством УМО по агрономическому образованию и при активном взаимодействии с коллегами из других аграрных вузов оперативно были разработаны образовательные программы по всем дисциплинам специальности. В 2000 г. массовым тиражом вышел базовый учебник «Агроэкология» и в рамках европейского проекта Темпус была подготовлена целая система модульных курсов по основным экологическим дисциплинам. Это создало надежную учебно-методическую базу для широкого распространения программ обучения по агроэкологии во всех основных сельскохозяйственных регионах РФ (максимальный объем годичного выпуска специалистов-агроэкологов по трем формам обучения в 32 вузах страны составлял в 2000-е годы более 1500 человек).
С сентября 2001 по июль 2004г. кафедру возглавлял доцент Вячеслав Андреевич Раскатов, известный специалист в области охраны окружающей среды, экологического мониторинга и электронной микроскопии биологических компонентов агроэкосистем. В этот период получили развитие отраслевые специализации по агроэкологии. Коллективом преподавателей академии, в рамках проектов «Темпус-Тасис» при тесном сотрудничестве с ведущими аграрными вузами и европейскими университетами была проведена большая работа по подготовке и изданию модулей интерактивного обучения по агроэкологии (что получило высокую оценку Министерства образования и Министерства природных ресурсов РФ и нашло отражение в Государственном докладе о состоянии и об охране окружающей среды Российской федерации в 2002 г.).
Важным итогом этой работы стала публикация в 2005 г. в Большой Российской энциклопедии отдельной статьи В.А. Черникова «Агроэкология» с определением ее в качестве самостоятельной научной дисциплины. За «разработку и создание системы учебно-методического обеспечения подготовки кадров по специальности «Агроэкология»» в 2006 г. целый ряд преподавателей РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева, вместе с коллегами из ВНИИА имени Д.Н. Прянишникова и Саратовского ГАУ имени Н.И. Вавилова был номинирован на Государственную премию РФ и отмечен благодарностью Министерства образования и науки России.
С августа 2004 г. кафедрой заведует профессор Иван Иванович Васенев, активно развивающий перспективные направления агроэкологического и экологического мониторинга, педодинамических, функционально-экологических исследований и преподавания с использованием современных информационных технологий.
В настоящий момент на кафедре работают 5 профессоров, 10 доцентов, 4 старших преподавателя и ассистент, которые ведут подготовку высококвалифицированных бакалавров по профилям «Экология» и «Агроэкология», магистрантов по программе «Экологический менеджмент и инжиниринг» (в 2011 г. получила европейскую аккредитацию АОА), аспирантов и докторантов по научной специальности «Экология». Каждый год кафедру заканчивает 40-50 выпускников бакалавриата, 10-12 магистров и 3-5 кандидатов наук. Выпускники кафедры успешно работают в профильных экологических компаниях, научно-исследовательских и проектных организациях, на кафедрах ведущих российских и зарубежных университетов. Наиболее успешные стали директорами департаментов экологических служб (С.В. Керимов в Азербайджане, С.В. Черников в США) и заведующими кафедрами ведущих университетов (Э.А. Довлетярова в РУДН и О.О. Босун в Нигерийском университете).
С декабря 2011 г. при кафедре работает Лаборатория агроэкологического мониторинга, моделирования и прогнозирования экосистем (ЛАМП), созданная при поддержке гранта Правительства РФ (№ 11.G34.31.0079) с ведущим ученым-экологом Италии профессором Риккардо Валентини, лауреатом Нобелевской премии мира 2007 г. в составе коллектива IPCC. Целью создания лаборатории стало развитие информационно-методических основ агроэкологической оптимизации земле- и природопользования с формированием рамочной системы функционально-экологического и агроэкологического мониторинга, базовой системы алгоритмов оценки функционального качества и экологического состояния основных компонентов природных, агро- и урбоэкосистем, поисковых и нормативных моделей их функционирования и развития — в условиях глобального изменения климата и различных сценариев антропогенной нагрузки.
Наряду с преподавателями и сотрудниками кафедры в подразделениях лаборатории активно работают аспиранты, магистранты и студенты старших курсов бакалавриата. Они активно участвуют в научно-исследовательских работах лаборатории и кафедры по крупным российским и европейским проектам, регулярно выступают с докладами на международных конференциях и конгрессах в Австрии, Италии, Сербии, Турции, США, Южной Корее, Японии (получая призовые дипломы), выставке научно-технического творчества молодежи (медали, дипломы НТТМ и гранты Президента РФ). В 2014 г. молодые ученые кафедры и лаборатории стали обладателями 2 молодежных грантов Российского Фонда Фундаментальных Исследований (РФФИ) и гранта Президента РФ молодым ученым — кандидатам наук.
Созданная на кафедре экологии научная школа в 2014 г. получила официальное признание в виде Гранта Президента Российской Федерации (№ 14.120.14.4266-НШ) для государственной поддержки ведущих научных школ России — по теме «Разработка, верификация и зональная адаптация базовых элементов информационно-методического обеспечения агроэкологического мониторинга земель и качества сельскохозяйственной продукции в условиях представительных агроландшафтов Центрального региона России». На XX Конгрессе Международного союза наук о почве (IUSS) заведующий кафедрой был избран руководителем комиссии IUSS по оценке почв и планированию землепользования.
В 2012 г. при кафедре и лаборатории с активным участием итальянских коллег созданы 3 малых инновационных предприятия: «ЭКОинновация», «ЭКОконтроль» и «Скрипта манент». Общая сумма научных грантов и договорных работ кафедры за 2011-2014гг. превысила 167 млн. рублей. Это создает хорошие материальные условия для совместного проведения наиболее востребованных фундаментальных и прикладных экологических исследований на самом современном методическом уровне. Результаты научных исследований оперативно отражаются в содержании экологических учебных дисциплин и выездных практических занятий, которые проводятся на зональных стационарах экологического и агроэкологического мониторинга при поддержке профильных специалистов опытных станций и учебных хозяйств университета, Центрального лесного государственного природного биосферного заповедника (Тверская обл.) и Центрально-черноземного государственного заповедника имени профессора В.В. Алехина (Курская обл.). На базе кафедры и других профильных подразделений университета ежегодно с 2010 г. проходит двухнедельная Международная экологическая школа (MOSES) при поддержке компаний Пепсико, Байер, Еврохим, Уралкалий, Герион и РФФИ.
С 2012г. кафедра активно участвует в выполнении сетевого проекта Темпус STREAM, в рамках которого большим интернациональным коллективом из 5 ведущих российских университетов и 4 стран Центральной и Западной Европы разрабатывается единая сеть дистанционного образования по оценке воздействия сельскохозяйственной и иной деятельности на базовые компоненты окружающей среды.
Многолетний опыт тесного сотрудничества кафедры экологии РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева с коллегами из профильных подразделений аграрных, классических университетов, академических институтов, государственных и частных компаний России, СНГ, других стран позволяет оптимистично смотреть в будущее. Надеемся, что и в ближайшие годы наше с Вами активное взаимодействие позволит совместными усилиями решать самые актуальные задачи в области экологических исследований сельского хозяйства, землепользования, экологических функций почв и сервисов экосистем.
Кафедра Общей и инженерной экологии (ныне — Экологической безопасности и природопользования) была создана в июне 1995 г. и является одной из ведущих кафедр. С самого первого дня кафедрой заведовал доктор технических наук, профессор Борис Федорович Никитенков. У истоков создания кафедры вместе с ним стояли: кандидат биологических наук, доцент Т. В. Пушкарева, кандидат биологических наук, доцент Е. В. Пастухова (поставившая учебные практики и передавшая свой опыт молодым преподавателям), старший преподаватель Е. С. Левадо, ассистент М. В. Барсукова, заведующий лабораторией М. В. Лапидовский. Большой вклад в развитие кафедры внесли академики РАСХН: доктор технических наук, профессор И. П. Айдаров и доктор сельскохозяйственных наук, профессор А. М. Лыков.
Лучшие выпускники кафедры остались в аспирантуре для продолжения научных разработок: Н. В. Лагутина, А. В. Евграфов (в настоящее время они кандидаты технических наук, доценты), старшие преподаватели Т. Г. Орлова, А. В. Новиков. В 2001 году на кафедру пришла О. В. Сумарукова. В разное время аспирантами, ассистентами и инженерами были Е. П. Петраш, О. В. Кольцова и М. Л. Тулузаков. Последний, наряду с Н. В. Лагутиной, М. В. Лапидовским и А. В. Новиковым, сделал значительный вклад в создание кафедральной лаборатории.
Во второй половине 2000-х на кафедру пришли работать д. б. н., проф. В. Л. Морозов и д. б. н., проф. Г. А. Белая — профессиональные луговеды, ботаники, специалисты по ООПТ, написавшие ряд монографий и статей.
С сентября 2011 года кафедрой заведовала к. б. н., доцент Король Татьяна Степановна, а с сентября 2012 — к. т. н., доцент Лагутина Наталия Владимировна. С 1 февраля 2020 года кафедра ОиИЭ стала кафедрой Экологической безопасности и природопользования (ЭБиП). C конца февраля 2020 года исполняющим обязанности заведующего кафедрой является Евграфов Алексей Викторович.
Кафедра является выпускной. В основу обучения студентов положен принцип рассмотрения мероприятий по использованию и охране водных и земельных ресурсов с учетом экологической безопасности. Рассматриваются основные принципы функционирования природных экосистем и нарушение этих принципов человечеством. С этой целью студенты изучают основы инженерно-экологических изысканий, оценку воздействия на окружающую среду (ОВОС), геоинформационные системы (ГИС), экологическую безопасность (ЭБ), охрану окружающей среды (ООС), правовые основы природопользования и охраны окружающей среды и др., учатся учитывать влияние хозяйственных воздействий на ход процессов в экосистемах, разрабатывают методы и способы инженерной реализации природоохранных мероприятий.
Студенты во время учебной практики, собирают исходные данные и анализируют природно-климатические условия, состояние экосистем, выявляют потенциально опасные хозяйственные объекты и оценивают степень их потенциальной опасности. Особое внимание уделяют природоохранным мероприятиям. Сложившаяся экологическая обстановка в стране диктует необходимость подготовки специалистов, которые были бы способны проводить контроль за экологическим состоянием природной среды.
На базе кафедры созданы гидрохимическая, гидробиологическая учебная лаборатория и компьютерный класс, где студенты выполняют соответствующие исследования, с помощью вычислительной техники проводят расчеты и выполняют моделирование параметров экосистем при разных уровнях воздействия на них.
Для закрепления полученных знаний студенты проходят производственную практику, за время которой они собирают материал для дипломного проектирования.
Все сотрудники кафедры в возрасте до 65 лет прошли программу дополнительного образования Преподаватель высшей школы.